A háború kitörésekor szülei - húgával együtt - Orléans-ba menekítették. Egy fiatal irodalomtanárnőnél laktak, aki tovább segítette a kamasz diák szellemi bontakozását. A katolikus tanárnőt meglepte a tizennégy éves fiú vallási érdeklődése, aki 1940 nagycsütörtökén az orléans-i székesegyházba tévedt, ahol különös élmény kerítette hatalmába. Másnap azzal állt elő, hogy meg akar keresztelkedni.

Az orléans-i püspök vezette hittani felkészülését.

Természetesen nem kerülhette el az élénk szellemű kamasz a hitbeli kételyek örvényeit sem: olyannyira, hogy - bevallása szerint - tizenöt-húsz évig visszatérő szellemi küzdelmet okoztak életében. A háború összeomlása után, 1940 augusztusában keresztelte meg a püspök. Jean-Marie megtartotta Aaron nevét is, miközben kezdte felfedezni a kereszténységet.

Édesanyját 1943-ban Auschwitzban megölték. Aztán apjával gyári munkát vállalva fedezte fel a hétköznapok világát.

1951-ben járt először Jeruzsálemben, és ott kezdett el először komolyabban foglalkozni saját zsidóságával és népének üdvtörténeti küldetésével. Bár a vatikáni zsinat hivatalosan lezárta a katolikus antiszemitizmus korszakát, Lustiger nem mindig ezt tapasztalta saját paptársai részéről.

Emiatt a hetvenes években komoly szellemi válságot élt át: úgy érezte, hogy Franciaországban elvégezte feladatát, és azon gondolkodott, hogy Izraelbe költözik. Az alijázást az új pápa akadályozta meg: II. János Pál 1979-ben Orléans püspökévé, két évre rá pedig Párizs érsekévé nevezte ki Lustiger-t, aki 1983-ban elnyerte a bíborosi címet is. Huszonnégy éven át irányította a francia katolikus egyházat, mielőtt az egyházi rend szerint 75 évesen beadta lemondását, amelyet a pápa csak 2005-ben fogadott el.

1954-ben szentelték pappá, és a párizsi egyetem több szakán tanuló hallgatók lelkésze lett.

1959-ben a párizsi Richelieu Központ igazgatója volt tíz évig. A II. vatikáni zsinat időszakában élénk szellemi élet folyt itt, de az algériai háború és az 1968-as diáklázadás kényes körülményei között hasonlóképpen.

A következő tíz esztendőben a Sainte-Jeanne-de-Chantal templomban plébánosa, kerékpáron járja lelkipásztori útjait.

Orléans-i püspöki kinevezése után rövid idő múlva1981. február 2-án II. János Pál pápa kinevezte Párizs érsekévé. 1983-ban lett bíboros.

Anyja tragikus haláláról Lustiger szinte soha nem beszélt. Egyik ritka alkalom volt, amikor 1999-ben a Megemlékezés napján a holokausztban elpusztult francia zsidók neveit olvasták fel, Lustiger is a felolvasók között volt. Amikor anyja nevéhez ért, felolvasta a nevét: „Gisele Lustiger. – Majd hozzátette: – Az anyukám.” Aztán tovább olvasott. Jómaga csak 1983-ban járt először Auschwitzban, ahova soha többet nem akart visszatérni.

II. János Pál pápa bizalmasaként azonban 2005-ben arra kérte az akkor már halálos beteg egyházfő, hogy képviselje a Vatikánt a tábor felszabadulásának 60. évfordulóján. Lustiger engedelmeskedett, de elmondta: „Csak azért megyek, mert a pápa kéri.” Az eset kapcsán találgatások kezdődtek arról, hogy János Pál a megbízással azt jelezte, hogy a párizsi érseket szeretné utódjául.

Lustiger soha nem volt hajlandó kommentálni ezeket a felvetéseket, és a pápaválasztó konklávé előtt nem sokkal bejelentette visszavonulását érseki tisztségéből.
.
Lustiger kardinális új korszakot nyitott a francia egyházpolitikában.

A 2002-ben kötött megállapodás értelmében rendszeres, munkacsoportokban is zajló párbeszéd folyik az Francia Katolikus Egyház és az Állam között. Minden évben egyszer a köztársaság elnökével is találkozott.

Munkássága során közvetlen és nyílt stílusával, magával ragadó humorával, hatalmas energiájával erős hatást gyakorolt a francia, azon belül is főleg a párizsi katolikus fiatalságra. Katolikus körökben is konzervatívnak tartott nézeteit rendszeresen a templom egyik padjának szélére ülve osztotta meg teltházas hallgatóságával, határozott véleménye ellenére könynyen szót értett a másként gondolkodókkal. Amerre járt, templomokat alapított, és 1983-ban létrehozta a Notre dame katolikus rádiót, majd 1999-ben a egy tévécsatornát is. Nevéhez kötődik az 1997-es Ifjúsági világtalálkozó megrendezése, mely során a világ minden tájáról több mint egymillió katolikus fiatal látogatott el a párizsi rendezvényre.

Lustiger számára a katolikus keresztség nem jelentette zsidóságának megtagadását. „Egymás után olvasva az Ó- és az Újszövetséget, világossá vált számomra, hogy az egyik értelmezhetetlen a másik nélkül.” „A kereszténység a judaizmus gyümölcse” – mondta egy alkalommal. „Soha nem jutott eszembe a zsidó identitásom megtagadása. Sőt éppen ellenkezőleg. Számomra Jézus a zsidók Messiása” – nyilatkozta Isten választása című, 1987-ben kiadott beszélgetéseiben.

Bíborosi kinevezését követően adott interjújában így fogalmazott: „Zsidónak születtem, és mindig is az maradok. Számomra Izrael küldetése az, hogy a világosságot elvigye a nemzeteknek. Ez az én reménységem, és hiszem, hogy ennek elvégzésére a kereszténység a megfelelő eszköz.”

Sikerrel járt közbe, hogy a karmelita apácák mégis csak költözzenek ki az auschwitzi táborból, egyre jobban kezdtek odafigyelni rá. Ezt követően ő szövegezte meg annak a bűnbánati nyilatkozatnak a szövegét, melyben a francia katolikus egyház bocsánatot kért a zsidóktól.

Ő kísérte el II. János Pált annak 2000-es jeruzsálemi útjára, mikor is először járt pápa a Siratófalnál és ismerte el a kereszténység tartozását az „idősebb báty” felé, majd 2001-es damaszkuszi útja során is, ahol a pápa személyében először látogatott meg katolikus egyházfő mecsetet.

Személyes életútjáról és megtéréséről csak keveset beszélt, de többek ösztönzésére könyvbe szerkesztette korábbi előadásainak szövegét, melyet Az ígéret címmel adtak ki 2002-ben. A könyvben „őszinte párbeszédre” szólít fel zsidók és keresztények között. Lustiger volt az első bíboros, aki felszólalt a Zsidó Világkongresszuson, és az ő kezdeményezésére indult el New Yorkban az évenként megtartott zsidó–katolikus találkozó ortodox zsidók és katolikus bíborosok részvételével.

A több mint húsz könyv szerzőjeként számon tartott Lustiger-t 1995-ben választották be a Francia Akadémia „halhatatlanjai” közé. Személyének nagyságát abban látták, hogy világosan gondolkodóként és erőteljes szószólóként határozottan állt ki az Isten-hit mellett egy olyan világban, ahol kemény támadások érik a tradicionális felfogást és a szellemi értékeket.

Személyének nagyságát abban látták, hogy világosan gondolkodóként és erőteljes szószólóként határozottan állt ki az Isten-hit mellett egy olyan világban, ahol kemény támadások érik a tradicionális felfogást és a szellemi értékeket. Élete során mindig a katolicizmus erkölcsi értékeinek, szellemi erejének és intellektuális igényességének harmóniájára törekedett. A tüdőrákban szenvedő bíboros hosszú szenvedés után hunyt el. „Életének utolsó hetei fájdalomban és szomorúságban teltek” – mondta el újságíróknak utódja, André Vingt-Trois párizsi érsek.